Dấu chân điện tử không phải thứ đại diện cho người dùng trên mạng Internet. Tuy nhiên, những nội dung và dữ liệu thu thập gây ảnh hưởng đến quyền riêng tư, sự tin cậy và độ bảo mật đối với công dân. Trong bối cảnh mà thế giới đang quen dần với kỹ thuật số, và mọi người đều có quyền truy cập Internet, thì quyền sở hữu và quyền riêng tư lại càng trở nên quan trọng [14]

Dấu chân điện tử đã và đang gây tranh cãi ở việc liệu thông tin của người dùng có được giữ kín hay không. Thuật ngữ "Quyền riêng tư trên Internet được sử dụng lần đầu tiên vào năm 1999, thông qua Scott McNealy - Cựu CEO của tập đoàn Sun MicroSystems.[15] Thuật ngữ này dần trở nên quen thuộc khi đề cập đến vấn đề bảo mật dữ liệu người dùng. Và cho đến nay, đây vẫn là thách thức lớn nhất của các công ty công nghệ khi muốn ứng dụng dấu chân điện tử vào công việc của mình.

Ví dụ, các phương tiện truyền thông xã hội có thể ghi lại các hoạt động của cá nhân, thông qua dữ liệu từ hoạt động của người dùng mỗi ngày. Với việc sử dụng mạng xã hội, người dùng đã vô tình để lại những thông tin về sở thích, các mối quan tâm, hành vi, địa điểm,... Những dữ liệu đó được thu thập từ các ứng dụng và được phân tích bởi các công ty công nghệ. Một vài trang web, như Facebook, thu thập một lượng lớn thông tin của người sử dụng để tổng hợp và phác họa nên chân dung của người dùng dễ dàng hơn.[16]